Этот диагностический метод не используют, если у пациента выявлено нарушение прозрачности хрусталика, стекловидного тела или роговичной оболочки. Помутнение структур глаза не позволяет инфракрасному лучу дойти до глазного дна и отразиться от него. Из-за этого прибор не может выполнить необходимые измерения.
Также противопоказанием является неспособность пациента выполнять указания врача. Поэтому авторефрактометрию не используют для диагностики людей с нервными и психическими расстройствами. Также она не подходит для обследования детей младше 2,5-3 лет.