Обследование противопоказано, если:
- Масса пациента превышает 130 кг — это наибольшая нагрузка для большинства современных аппаратом. Стол не выдержит больший вес.
- Окружность тела в самом широком месте живота превышает 150 см — тоннель томографа имеет ограниченный размер.
- В организме есть электронные устройства (инсулиновые дозаторы, кардиостимуляторы). Магнитное поле может вывести их из строя.
- В теле есть металлические элементы (стенты, штифты, осколки снарядов). Они могут перегреться под воздействием магнитного поля и вызвать ожог. По этой же причине нельзя делать МРТ, если в обследуемой области есть татуировки, выполненные металлосодержащими чернилами.
- Беременность в 1 триместре — нет достоверных сведений о том, как воздействует магнитное поле на развитие плода на ранних сроках.

Относительными противопоказаниями к МРТ малого таза являются сильные боли, психические и неврологические нарушения, при которых пациент не может длительное время сохранять неподвижность. К ним относят боязнь закрытого пространства, судороги, эпилепсию, детский возраст. В этих случаях рекомендуется сканирование под малым наркозом.
Процедуру с контрастом не проводят при беременности — исследования о том, как влияет гадолиний на плод, не проводились. Ее также не назначают при тяжелой форме почечной недостаточности, так как препараты для контрастирования выводятся преимущественно через мочевыделительную систему. Контраст в период грудного вскармливания применяют только при условии приостановления лактации на 2–3 дня.