Больного кладут на стол, присоединенный к МР-томографу. Поскольку находиться внутри томографа приходится достаточно долго (до часа), пациента фиксируют к столу ремнями. Это поможет удерживать тело в неподвижном состоянии. Уши защищаются от шума, создаваемого прибором, наушниками или берушами. При проведении МР-томографии с контрастированием в вену вводится препарат гадолиния.
Маленьким детям, больным, которым сложно лежать неподвижно из-за боли и судорог, а также клаустрофобам процедура проводится под наркозом.
После подготовки стол заезжает внутрь томографа, и аппарат сканирует пациента радиочастотными импульсами в магнитном поле. Под их воздействием атомы водорода, находящиеся в тканях, начинают вибрировать, отдавая энергию с разной интенсивностью.
Эти данные передаются на компьютер и с помощью специальной программы трансформируются в мультисрезовые изображения, выдаваемые на экран. Врач видит трехмерные изображения различных участков тела пациента.
После завершения диагностики больной получает серию снимков в различных проекциях. Результаты могут быть записаны на флеш-карту или компакт-диск.