Несмотря на абсолютную клиническую безопасность, МРТ забрюшинного пространства обладает рядом противопоказаний. Исследование не проводится, если в теле пациента присутствуют ферромагнитные или электронные устройства (протезы, клапаны, стимуляторы). Также ограничением для проведения сканирования являются сосудистые клипсы, инсулиновые помпы. МРТ не назначается женщинам на первом триместре беременности.
Среди относительных противопоказаний можно выделить эпилепсию, шизофрению, клаустрофобию. Таким пациентам исследование проводится под наркозом. Также относительным ограничением является общее тяжелое состояние, постоянная необходимость в поддерживающих процедурах.
Если магнитно-резонансная томография показана с применением контраста, список ограничений увеличивается. В таком случае сканирование не назначается пациентам, которые страдают от почечной и печеночной недостаточности, сахарного диабета, непереносимости гадолиния.